Биологический фильтр (биофильтр) представляет собой инертный, пористый материал на котором оседают полезные микроорганизмы, которые, в свою очередь, перерабатывают трудноокисляемые органические отходы в легкоокисляемые. Процесс происходит с доступом воздуха. Материалом для фильтра является кокс, керамзит, пуллоцан (вулканическая порода), эти материалы служат прекрасной средой для размножения полезных микроорганизмов и сами являются фильтрующим материалом.
Для более полной и качественной утилизации стоков в первую камеру (в которой нет доступа воздуха) рекомендуется добавлять вещества с биобактериями анаэробного (без кислорода) типа. Штаммы этих бактерий специально культивируются, они способны разделять фракции стоков на газ, растворимые элементы (в воде) и осадок.
Комбинированное применения этих способов позволят получить на выходе сток с 90-95% очисткой, а также резко снизить временной промежуток вызова канализационной машины.
Более дорогие септики с биофильтрами принципиально ничем не отличаются. Может быть увеличено количество секций, обеспечена принудительная циркуляция стоков (с помощью насоса).